SURVEILLANCE GENOMIQUE
Notre mission
Les activités de surveillance génomique sont cruciales dans divers domaines de la biologie et de la médecine, notamment pour comprendre les variations génétiques, surveiller les maladies et guider les traitements personnalisés. Voici quelques exemples d’activités courantes que nous menons :
Séquençage du Génome : Identifier et analyser la séquence complète de l’ADN d’une population pour détecter des variations génétiques, des mutations. Cela a particulièrement été mis en œuvre pendant la pandémie de SARS-CoV2.
Analyse des Variations Génétiques
Surveillance des Pathogènes : Utiliser le séquençage génomique pour suivre l’évolution des pathogènes comme les bactéries, les virus, et les parasites, afin de surveiller les épidémies et la résistance aux traitements.
Le séquençage
Le séquençage génomique est un processus complexe qui comprend plusieurs étapes clés parmi lesquelles :
- Préparation des échantillons (collecte, extraction, quantification)
- Préparation de la Bibliothèque
- Séquençage
- Assemblage
- Analyse
- Validation et rapport
- Stockage et gestion des données
Nos ressources
La section Génomique du LNSP a à sa tête un chef de section (Dr ESSOMBA René) et est constituée de deux équipes :
- une équipe laboratoire de séquençage
- une équipe bioinformatique
Activités récentes
Contribution du LNSP à la surveillance des sous-lignées du variant Omicron du virus SARS-CoV-2 au Cameroun : riposte à la flambée de COVID-19 dans la Prison Centrale de Mbalmayo, Région du Centre, janvier 2024.
Contexte
Selon le rapport de situation COVID-19 au Cameroun N°214 du 08 au 14 janvier 2024, l’épidémie était globalement sous contrôle dans tous les districts de santé. Cependant, à la semaine épidémiologique 03, année 2024, la Prison Centrale de Mbalmayo, région du Centre a notifié une flambée de cas de COVID-19 suite à la confirmation de 105 cas au cours d’une enquête préliminaire par les tests rapides antigènes SARS -CoV-2.
Dans sa mission d’appui à la santé publique, la section Surveillance Epidémiologique du LNSP a mené une enquête approfondie dont l’objectif était de collecter les échantillons et d’identifier le variant du SARS-CoV-2 en circulation dans ce milieu carcéral.
Un total de 327 échantillons a été collecté dont 322 détenus et 05 personnels administratifs, avec 312 hommes (95,4%), 15 femmes (4,6%) et 203 vaccinés contre la COVID-19 (62,0%, au moins une dose). L’âge médian : 29 ans (12-77 ans) et un sex-ratio H/F : 26,25.
Les analyses PCR SARS-CoV-2 réalisées par le LNSP ont révélé 121 échantillons positifs (116 hommes et 05 femmes) soit un taux de positivité de 37%. Les 121 cas positifs étaient repartis dans presque tous les 12 locaux et le bloc administratif de ce milieu carcéral.
Résultats
Le séquençage génomique de 124 échantillons (121 du milieu carcéral et 3 autres du LNSP pour le mois janvier 2024) a permis d’obtenir les résultats ci-après :
– 68 génomes complets du SARS-CoV-2, soit un taux de réussite de 54,84%.
– La distribution des sous-lignées du variant omicrons détectés :
* B.1.617.2 (4,41%) ;
* BA.5 (2,94%) ;
* JN.1 (92,65%).
Nous pouvons noter que cette analyse a permis de détecter pour la première fois au Cameroun la sous-lignée du variant préoccupant Omicron JN.1. C’est d’ailleurs elle qui était responsable de la flambée de COVID-19 au sein de la prison centrale de Mbalmayo durant cette période .